南苑医院内科承担着本院重症监护病房（ICU）及呼吸、心内、消化专业的临床工作。主要由①重症监护病房(ICU)；②呼吸、心内及消化专业病区；③呼吸、消化及心内专科门诊；④肺功能检查；⑤过敏源检测门诊；哮喘检测门诊等六部分组成。
科内有从事普内、ICU、呼吸、心内、泌消化等专业的各级各类医护人员30余人，包括临床工作几十年经验丰富的主任医师、副主任医师、高年资主治医师及高年资住院医师；以上人员均经过全国著名三级医院进修深造，技术精湛，服务态度好，对本系统疾病的诊治有较深的造诣。住院医师来自全国各大医学院校，大学本科以上学历，科室实行整体化护理模式，最大限度地促进患者健康。
1. 重症监护病房（ICU）：床位7张，拥有有创呼吸机1台，无创呼吸机2台，惠普多功能监护仪1台，可实施有创血液动力学监测技术。ICU组建以来年收治病人近千名，成功救治了数名多学科危重病。收治范围主要包括危重患者需要呼吸支持或监护治疗的病人，急性左心衰、肺水肿、肺栓塞、重症肺部感染（MRSA）、MODS、ARDS、各种原因引起的呼吸衰竭及急性重度药物中毒等病人。ICU的建立大大提高了本院危重病的救治成功率。
2. 呼吸、心内专业病区：常年立足于收治本系统常见病、多发病及危重疑难疾病。呼吸专业各项诊治手段在本地区居于领先。机械通气技术、睡眠呼吸障碍的诊治水平均已达到三级医院水平，可行胸膜活检操作。对慢阻肺、肺心病、支气管哮喘的治疗，有独到方法，对肺间质纤维化、支气管扩张症、呼吸道感染、各种胸腔积液、肺部肿瘤等疾病的诊治，经验非常丰富。
心血管内科在冠心病的诊治方面，能够应用国际最先进的技术：静脉溶栓等方法，对急性冠状动脉综合征（ACS）和慢性血栓性疾病患者进行血管的早期、持续、充分开通治疗。同时可以进行心律失常疾病的保守治疗。心血管内科还与北京市内多家大医院保持着长期、良好的合作关系。友谊医院专家教授常年在病房查房。心血管科秉承患者至上、质量第一的宗旨，原成为广大患者的亲密朋友，为患者的早日康复尽我们最大的努力。
3. 呼吸、心内、消化专业常年设有专科专家门诊。有本院专家门诊、本院主治医师专科门诊。
4. 肺功能检测室可行肺通气功能检查，并开展了支气管舒张、激发试验。
5. 我院个可进行过敏源试验，进而科学诊治过敏性疾病。
6. 哮喘诊疗中心可对哮喘患者进行专业的诊断和治疗。
南苑医院隶属于北京市丰台区卫生局，系1957年5月由北京市政府投资筹建的一所正规的区级综合二级医院。是友谊医院定点协作社区卫生服务中心，下设8个社区服务站。医院占地面积14350平方米。目前医院设有内科、内二科、外科、骨科、肛肠科、妇产科、口腔科、儿科、精神科、眼科、中医科、病理科等28个临床和医技科室。形成了眼病防治中心、精神病防治中心和糖尿病教育基地三大特色医疗。
眼病防治中心与同仁医院、北京市眼科研究所、国际防盲指导中心联合，于2001年被确定为丰台区贫困白内障复明术定点医院；2002年国际狮子会“视觉第一，中国行动”白内障复明术定点医院在南苑医院挂牌；眼病防治中心从三级医院引进了栾秀丽主任医师作为学科带头人，开展小切口白内障超声乳化折叠晶体植入术、青光眼—白内障联合手术、视网膜脱离手术、眼底血管荧光造影术、激光眼底治疗术等眼科手术项目。
精神病防治中心以心理测试和开展精神病社区防治为主，现有病床80张。采用先进技术，实行精神病人开放式管理、综合治疗及联络精神医学治疗各类精神病。其中心理测试、心理治疗专家门诊深受患者欢迎。是丰台区唯一一所大型精神病防治中心。
北京糖尿病教育基地于2004年12月9日在原城南糖尿病教育基地的基础上成立，基地依托北京市糖尿病防治协会、协和、北医专家为技术力量，由内分泌专家杨凯杰主任医师负责基地全面工作。该基地配有时间分辨荧光分析仪、糖化血红蛋白分析仪、彩色超声多普勒和胰岛素泵等设备，以先进的技术诊治糖尿病及合并症。
几年来，南苑医院为满足患者需求购置大量先进设备，如：用于全身CT扫描的美国1600—C型“CT”机；用于胃及食道疾病诊断的日本富士能W—88A型电子胃镜；用于快速检测血液生化成分的美国全自动生化分析仪及时间分辨荧光分析仪、彩色超声仪、高压氧仓、全能麻醉机、有创呼吸机、肾透析、日本OPCONOMS610型手术显微镜、眼底血管荧光造影仪、眼底激光治疗仪、玻璃体切割仪、美国超声乳化仪、眼科A/B型超声诊断仪、净膜曲率仪、日本TOPCON TRC-50EX眼底照相机、美国科以人公司生产的532nm激光光凝器、同视机等先进仪器设备，部分硬件已达国内先进水平。
近年来，院党委重视创建文明行业，坚持以“精、慈、竞、美”的院带动的促进精神文明建设水平的提高，医院多次被评为市、区卫生系统先进集体，是“首都文明单位”和“首都花园式单位”。
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