１．高等中医临床教育质量评估指标体系的研究与实践”，项目负责人为李曰庆教授，获国家教育部教学成果国家级二等奖、北京市一等奖。 

２．“中医学专业本科生临床能力考核指标体系及其实施方法的研究”，项目负责人为杨晋翔教授，获北京中医药大学优秀成果奖。

３．国家中医药管理局课题“高等中医药本科生临床教学基地建设标准”项目负责人为王琦教授，已完成并上报国家中医药管理局。 

４．2003年教务处的业务人员出版了我国第一本“非典”专病专著，出版了我国第一套“非典”防治学术光盘，参编出版了我国第一本“非典”正规教材（小汤山军医培训教材和配套光盘），总共出版“非典”专著三本，“非典”VCD光盘三件，发表“非典”学术论文三篇，网上发表“非典”学术论文两篇